Môi trường vùng ven bờ của Shikinejima có địa hình không bằng phẳng (irregular and highly indented coastline) với nhiều vịnh nhỏ.

Shikinejima dài khoảng 3 kilômét (1,9 dặm), rộng 2,5 kilômét (1,6 dặm). Địa hình của Shikinejima có độ cao thấp, điểm thấp nhất trên đảo là Kanbiki (神引山, Kanbiki?) với độ cao 99 mét (325 ft) so với mực nước biển và điểm cao nhất trên đảo là Suminoi (三角点, Suminoi?) với độ cao 109 mét (358 ft) so với mực nước biển.

Các dấu hiệu của hoạt động năng lượng địa nhiệt có thể được tìm thấy dọc theo bờ biển phía nam, nơi có suối nước nóng.